Każda firma, na terenie której powstaje lub przechowywana jest żywność, powinna posiadać precyzyjnie opracowane systemy ochrony przed szkodnikami. Zwykle firmy nie wykonują takich szczegółowych analiz samodzielnie. Można do tego wynająć zewnętrzny podmiot specjalizujący się w deratyzacji i przeciwdziałaniu zagnieżdżania się szkodników.
Szkodniki mogą pojawić się na terenie zakładu poprawnie o każdej porze roku. Choć najwięcej obserwuje się ich jesienią, gdy szukają ciepłego miejsca na przetrwanie zimy. Jeżeli przy tym wyczują, że jest w nim dostępne pożywienie, będą chciały przedostać się na jego teren. Ażeby przeciwdziałać zagnieżdżaniu się myszy i szczurów lub robactwa, czy ptaków, trzeba utworzyć solidne zabezpieczenia: siatki, odpowiednie drzwi, zdarza się, że pułapki ultradźwiękowe. Przedtem potrzebny jest audyt, na bazie którego będzie wiadomo, jakie zagrożenie może się pojawić i jakie są słabe punkty terenu, gdzie szkodniki mogą się zagnieździć: czy w pobliżu są zabudowania, czy las, czy okna mają siatki i są tylko uchylane, w jaki sposób otwierane są drzwi magazynów. To wszystko będzie wpływać na to, jakie zabezpieczenia powinny zostać zastosowane. Kiedy firma przeprowadziła audyt, a potem zastosowała odpowiednie pułapki i zabezpieczenia, konieczne są cykliczne kontrole. W firmie powinien być wydzielony dział, który będzie zajmować się tym, czy pracownicy zatrudnieni w firmie przestrzegają procedur, czyli np. czy drzwi magazynowe są w każdej chwili zamknięte, gdy jest to konieczne, czy towar w magazynie jest poukładany tak, że się nie rozsypuje, czy zachowany jest świetny porządek. Bałagan, rozsypana mąka, czy ziarna będą powodować, że na terenie magazynu szkodniki pojawią się znacznie szybciej. Jeśli wszyscy będą przestrzegać procedur, które zostały wcześniej zawarte, to ryzyko, że szkodniki się pojawią jest minimalne. Poza tym regularny monitoring pozwoli usunąć potencjalne zagrożenie szybko, co umożliwi uniknąć dużych szkód. Właściwie każdy naruszony przez szkodniki towar trzeba bowiem wyrzucić.
Zobacz: systemy ochrony przed szkodnikami.